В связи с опасностью сокращения ресурсов и роста загрязнения, создана Международная Научная Организация, призванная улучшить условия окружающей среды во всем мире. Международная преступная группа, Галактор, пытается достигнуть мирового господства, взяв МНО под свой контроль. Группа Галактор создана таинственным существом от космоса, известным как Лидер X, который отдает приказы через своего главнокомандующего на Земле, Берга Катзе.
Чтобы противостоять Галактору и его роботам-монстрам, доктор Намбу из МНО вербует пятерых храбрых молодых людей в боевую команду ученых-ниндзя, называемую Гатчаман. Специальные технологии и необычные костюмы, придающие героям сходство с птицами и дающие им способность летать, делают команду Гатчаман достойным противником Галактора.
